Как телепат со стажем могу предположить, что флешка автозапуском у вас не запускается, ибо вирус был в файле автозапуска и НОД его благополучно изничтожил. Попробуйте вот что: зайдите в Мой компьютер, там должна быть ваша флешка в списке. По ней щелкните правой кнопкой мышки и выберите Открыть.
Всю информацию с флешки сохраните куда-нибудь, а флешку отформатируйте. Потом запишите информацию туда снова.
И проверьте компьютер нормальным антивирусом! Для начала пойдет Касперский онлайн
http://www.kaspersky.com/kos/russian/par.../rus/kavwebscan.html