если выгружать все процессы одного антивируса из памяти и останавливать его службы до запуска другого антивируса, то проблем никаких. хоть 10 антивирусов храните
другое дело - зачем вам такой геморой? посмотрите статистику и выберите себе 1 антивирус и 1 фаервол, желательно не бесплатные
в довесок к ним можно использовать бесплатные утилиты которые работают без установки - DrWeb CureIt, avz и т.п. но обычно достаточно взгляда на автозагрузку и процессы чтобы понять есть вирус или нет, если случай не запущенный
про много одновременно запущенных антивирусов хорошо было сказано так: это как куча хирургов которые лезут своими скальпелями резать одно и то же. только мешают друг другу, а результат нулевой